主要ソフトウェアのご紹介

Advance / NanoLabo

Advance/NanoLaboは、Advance/PHASE (アドバンスソフト社製品) および、Quantum ESPRESSO※1やLAMMPS※2などのオープンソースの材料解析ソフトウェアに対応した統合GUIです。Materials Project※3などの材料データベースを検索し、モデリング・計算条件設定が極めて容易に行えます。計算実行後は、結果を瞬時にグラフィックス表示できます。

※1 Quantum ESPRESSOは、GPLライセンスにて配布されている第一原理計算のオープンソースソフトウェア。(http://www.quantum-espresso.org/)
※2 LAMMPSは、GPLライセンスにて配布されている分子動力学計算のオープンソースソフトウェア。(https://lammps.sandia.gov/)
※3 Materials Projectは、Lawrence Berkeley National Laboratoryにて開発された材料インフォマティクス用のデータベース。(https://materialsproject.org/)

特長

1. 結晶構造のアイコン表示 (右図)
2. 化学式入力による材料データベース検索
3. 結晶、表面、界面、分子に対するモデリング
4. オープンソース計算エンジンのサポート
5. バンド構造、振動モード、反応経路残像表示、
  動力学アニメーションなどの多彩な可視化機能

nanolabの主な機能

Modeling

      材料データベース
  • Materials Project
  • PubChem
    1. 結晶系
  • セル並進移動
  • スーパーセル
  • 不純物置換
  • 格子欠陥
  • 空間群判定
  • Primitive セル変換
  • Standard セル変換
    1. 表面・界面系
  • 任意の方位の表面
  • 表面への分子吸着
  • 不整合界面[proのみ]
    1. 分子系
  • 有機分子の描画
  • 溶媒分子充填
  • 高分子モデル[proのみ]

Calculation

      計算エンジン
  • Advance/PHASE
  • Quantum ESPRESSO
  • LAMMPS
    1. 計算機能
  • SCF計算、構造最適化
  • Hybrid汎関数、vdW補正
  • バンド構造、状態密度(PDOS電卓)
  • 重荷密度などの可視化
  • 第一原理MD、古典MD
  • 熱伝導率、粘性係数、拡散係数、
  • TD-DFT、XAFS/EELS
  • Phonon(バンド構造、状態密度)
  • NEB法、仕事関数(ESM法)
    1. 計算制御
  • ジョブスケジューラ
  • NanoLabo-API for Python
    1. リソース
  • ローカルマシン
  • 計算サーバー(SSH接続)
  • クラウド

Nanolabで出来ること

Modeling

1. 材料データベース

● 検索フィールドに、化学式・分子構造(SMILES)・分子名を入力すると、結晶構造または分子構造を取得できる。

● インターネット経由で以下のデータベースに接続
– 結晶構造: Materials Project
– 分子構造: PubChem

2.結晶系

3.表面・界面系

4.分子系

Calculation

Quantum ESPRESSO

●結晶構造から直ちに適切な入力ファイルを自動生成。
●ユーザー自身が面倒な計算条件設定を行う事なく、各種計算を実行可能。
●SCF計算、構造最適化、バンド構造状態密度、第一原理MD、TD-DFT、Phonon、NEB法に対応。
●計算の進捗状況および結果を可視化。(種々のポスト処理が利用可能)

LAMMPS

●Lennard-Jones、Charge、OPLS-AA、ReaxFF、EAM、MEAMに対応。
●有機分子に対して、OPLS-AAの力場パラメータを自動的にアサイン。
●多段階での計算スキームが設定可能。(e.g.NVTアンサンブルで100ps運動させたのち、NPTアンサンブルに切り替え)
●計算実行の最中であっても、動力学の様子をアニメーション表示可能。(MP4形式にて保存可)

計算リソース

      ローカルマシン上での計算実行
  • -built-in ジョブスケジューラでの計算管理
  • -PBS および SLURM の利用 (Linux 版のみ可)
    1. 計算サーバーへのジョブ投入
  • -SSH 接続にて Linux サーバー上で、計算実行
  • -PBS および SLURM の利用 (Linux 版のみ可)

計算・解析事例

ESM 法による K/Cu(001)系の仕事関数計算

Effective Screening Medium (ESM)法により、カリ ウムの吸着した Cu(001)表面における仕事関数を計算しています。被覆率に依存した仕事関数の変化が、 シミュレーションできます。

水/メタノール混合溶液の分子動力学計算

水/メタノールの混合溶液 (体積比 1:1) のモデルを 作成して、常温常圧 (300K, 1bar) の条件下で NPT アンサンブルによる分子動力学シミュレーションをし ています。分子力場には OPLS-AA を用いています。

※1 S. Kim, et al: Nucleic Acids Res. 2019; 47(D1):D1102-1109.
※2 日本化学会(編): “改訂 5 版 化学便覧 基礎編 II”, 丸善 (2004)

NEB 法による Al アドアトムの拡散経路解析

水/メタノールの混合溶液 (体積比 1:1) のモデルを 作成して、常温常圧 (300K, 1bar) の条件下で NPT アンサンブルによる分子動力学シミュレーションをし ています。分子力場には OPLS-AA を用いています。

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