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デジタル空間プロファイリング

米国NanoString社が開発したデジタルスペイシャルプロファイラー(GeoMx™ Digital Spatial Profiler)を用いたマルチプレックス発現解析技術評価のための受託解析サービスです。
従来、バイオマーカー研究の多くは、主に破砕したサンプルを用いて行われていました。
また、組織免疫学的な手法では、プレックス性やスループットに課題がありました。
NanoString社のGeoMx™ DSPでは、検体中の位置情報とターゲットの発現量を紐付けた解析が可能です。

受託サービスの流れ

①受け入れサンプル
■ホルマリン固定組織
■ホルマリン固定パラフィンブロック(FFPE)
■未染標本
※ 未染スライド 3~4枚/症例以上(5μm)、または未染スライド 2~3枚/症例以上(5μm)
および連続切片のHEスライド 1枚/症例をご用意ください。
(推奨スライドガラス:スーパーフロストプラス、2-3879-01など)
■OCT包埋凍結組織
②パネル (RNA/Protein)、Morphology Markerの選択

<RNAアプリケーション>
Whole Transcriptome Atlas (WTA, Human/Mouse)
Cancer Transcriptome Atlas (CTA, Human)
Immune Pathways Panel (Human)

<Proteinアプリケーション>
IO Protein (Human/Mouse)
Neural Cell Profiling Protein (Human/Mouse)

※各パネルの詳細につきましてはGeoMx製品ページを参照ください。
https://axel.as-1.co.jp/contents/bio/genomics/geomx

■DSPバーコード付プローブ、もしくは抗体と同時にMorphology Marker(最大4色)による蛍光染色を行います。
■各種パネルおよびMorphology marker用抗体のリストについてはお問い合わせください。 ※上記既成パネルに、任意ターゲットのカスタム追加も可能です(有償)。詳しくはお問い合わせください。
③スライドの発送
■①でご用意いただいたFFPE組織スライドを、解析企業へお送りください。(送料のご負担をお願いします)
④GeoMx™による解析
■解析に先立ち、プロジェクトの概要や解析領域(Region of Interest, ROI)の確認のため、技術者との打ち合わせを行う場合が御座います。 。
⑤解析例・納品物
■データ量が多いため、解析結果ご報告後一度ディスカッションの機会を設け、その中でターゲットの絞り込みを行います。その後、絞り込んだターゲットでボックスプロット等のデータを取得し、組織の画像や取得したデータを報告書にまとめ、ご報告いたします。
■納品物: 試験報告書、解析データ、および画像データ(HDD)
基本メニュー 仕様
ターゲットタンパク数※ ~80 plex
ターゲットRNA数※ WTA:18,000 gene~(Human)、22,000 gene~(Mouse)
CTA:1,800 gene~
Immune Pathways: > 80 gene
価格 お問合せください
納期 35営業日~
※タンパク質とRNAを1枚のスライドで同時にご依頼頂くことはできません。

GeoMx™ 受託サービスパネルについて

各パネルに、「Core」となる抗体セットがあり、「Module」を選択いただくことで、ターゲットの追加が可能です。
各モジュールの抗体セットは、随時追加致します。
内容についてはお問い合わせください。
カスタムで抗体を標識することも可能です。お気軽にご相談ください。

Coreパネルの抗体リスト

Human IO Mouse IO Human Neuro
Beta-2-microglobulin CD-11b GFAP
CD11c CD-11c Map-2
CD20 CD3e MBP
CD3 CD4 NeuN
CD4 CD45 Olig2
CD45 CD8A S100B
CD56 CTLA-4 Neurofilament(68 kD)
CD68 F4-80 HLA-DR
CD8 GZMB CD31
CTLA4 Ki-67 CD-11b
GZMB PD-1 CD68
Ki-67 PD-L1 Iba1
PD-1 Pan-Cytokeratin CD45
PD-L1 CD68 TMEM119
Pan-cytokeratin SMA CD40
HLA-DR Fibronectin Ki-67
SMA TGF-B P2ry12
Fibronectin CD19 CD163
TGFB1 CD335 CD39
+ Controls MHCⅡ PSD-95
+ Controls + Controls
※パネルの内容は、変更される場合があります。最新のリストに関してはお問い合わせください。

Morphology Markersの例

  • Human/Mouse IO: Solid Tumor TME Morphology Kit
    PanCK
    CD45
    Nuclear Stain (SYTO 13)
  • Human Neuro: Alzheimer's Morphology Kit
    Iba1
    Pan-amyloid beta
    Nuclear Stain (SYTO 13)
  • Human/Mouse IO: Melanoma TME Morphology Kit
    S100B / PMEL
    CD45
    Nuclear Stain (SYTO 13)
  • Human Neuro: Parkinson's Morphology Kit
    Neurofilament HC
    Alpha-synuclein
    Nuclear Stain (SYTO 13)
  • ※他の組み合わせも可能です。パネルの内容は、変更される場合があります。最新のリストに関してはお問い合わせください。

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