nCounter® Analysis System
nCounter® Analysis System とは
nCounter® Analysis Systemは米国 NanoString Technologies 社が開発した新しい発想に基づいた遺伝子解析システムです。
特殊な蛍光分子バーコードを持つ配列特異的なプローブを用いることで、逆転写やPCRなどのように酵素反応を使用せずに最大800種類のターゲット配列のデジタル検出（カウント）を行います。nCounter® Analysis Systemによるダイレクトデジタルカウントは正確で高い再現性を実現します。
システムはフレキシブルで、miRNA発現解析や融合遺伝子発現解析を含む遺伝子発現解析、DNAのコピーナンバー解析など様々なアプリケーションに対応します。
6つの特長
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800Gene
1チューブ当たり、最大800遺伝子を解析
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NoRT/PCR
逆転写、PCRが不要！酵素フリーの解析（single cell 解析を除く）
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1molecule
=1count1チューブ当たり、最大800遺伝子を解析
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Only10min
ピペッティングは4回
手作業は10分程度 -
1000Published
急速に伸びる論文数
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FFPE
病理切片も解析可能
1分子=1カウントの革新的ケミストリー
nCounter® Analysis Systemは、Prep StationおよびDigital Analyzerの2つのユニットにより構成されています。
下記のようなワークフローにより解析を行います。
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1
正数値でのステップではサンプルとプローブをミックスして一晩のインキュベーション。
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2
Prep Station内で標的配列とハイブリダイズしたプローブのみを精製。
精製されたプローブはnCounter® 解析用カートリッジに移され、表層に固定後、すべて一定の向きに整列されます。
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3
Digital Analyzerは、カートリッジに固定されたプローブの分子バーコードのパターンと数をスキャンし、各標的配列のカウント結果を正数値で表示します。従来法で見られるシグナル強度による出力と異なるデジタル出力を実現しています。
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4
得られたカウントデータは、付属の解析ソフトウェア nSolver™ Analysis Software を使用してデータQCとノーマライズ、データ解析、データ出力を 簡単に行うことができます。
圧倒的に簡単なワークフロー
nCounter® システムでは、ハイブリダイゼーションのセットアップからデータの取得までのHands-on Timeは15分ほどです。煩わしいピペッティング操作を最小限に抑えています。この簡単なワークフローの実現によりヒューマンエラーを抑制しています。
また、各機器のセットアップはモニターに表示される通りに設定するのみで、誰でも簡単に操作可能です。
クルードなサンプルでも解析可能
nCounter®におけるターゲット配列の検出原理は、ハイブリダイゼーションベースですので、基本的には逆転写反応やPCRによる増幅などの酵素反応やcDNAライブラリーの調製を必要としません。そのため、従来法では解析が困難とされているホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE)サンプルから抽出されたRNAでも非常に再現性の高いデータが得られます。
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FFPE組織から調製したRNAでもOK
FFPEサンプルから調製したRNAでのカウント例
FFPE（ホルマリン固定パラフィン包埋）組織あるいはフレッシュな組織から調製したRNAを用いて、nCounter解析を行いました。それぞれのカウント値は高い相関を示し (R2 > 0.97)、FFPE組織から調製したRNAサンプルでも良好なカウント結果が得られることがわかります。
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全血から調製したlysateにも対応
全血より調製した粗抽出液（lysate）中の標的RNAをカウントした例
PAXgene™を用いて調製した全血の粗抽出液（lysate）あるいは精製total RNA 100 ngを用いてnCounter解析を行いました。独立した2検体の全血サンプルから得られたカウント値は、精製total RNAから得られたカウント値と高い相関性を示しました (それぞれR2 > 0.96、R2 > 0.97) 。この結果は、nCounter®はPAXgen™を用いて調製した全血のlysateでも良好なデータが得られることを示しています。 ＊PAXgene™はQIAGEN®の登録商標です。
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